Resistance to antibacterial agents

About the course // À propos du cours

In 2016, the "review on antimicrobial resistance", chaired by Jim O'Neill, estimated that without action, in 2050, 10 million people a year could die from drug-resistant infections. While this figure is hypothetical, the current situation led WHO to classify the emergence and spread of antibacterial agents as an "increasingly serious threat to global public health that requires action across all government sectors and society."

The MOOC "Resistance to antibacterial agents" addresses the major public health problem: of the emergence of multidrug-resistant bacteria isolates, which are responsible for an increase in the morbidity and mortality of a wide range of infections caused by bacteria.

In this course, we intend to provide basic knowledge regarding resistance to antibacterial agents. We address key questions in the field. This MOOC will first present different antibacterial agents and their use for animals and humans. It will describe the current epidemiological landscape of antibiotic resistance across the globe and explain how the resistance is detected in the medical laboratories. The MOOC will then present the origins of antibiotic resistance and its mechanisms of dissemination, before proposing different approaches to control its spread. Finally, this MOOC will highlight the alternatives to antibiotics, the most current molecules in use, and ongoing novel molecule development.

En 2016, l'étude sur la résistance aux antimicrobiens, conduite par un comité présidé par Jim O'Neill, estimait qu'en l'absence de mesures, en 2050, 10 millions de personnes pourraient mourir chaque année d'une infection résistante aux antibiotiques. Même si ce chiffre n'est qu'une hypothèse, cette situation a conduit l'OMS à déclarer que l'émergence et la dissémination de bactéries résistantes aux agents antibactériens constituaient " une menace croissante pour la santé publique dans le monde, nécessitant de prendre des mesures dans tous les secteurs et à l'échelle de la société tout entière."

Le MOOC "Résistance aux agents antibactériens" s'attaque au problème majeur de santé publique que représente l'émergence de bactéries multi-résistantes, responsables d'une augmentation de la morbidité et de la mortalité d'un large éventail d'infections bactériennes.

Ce MOOC vise à fournir les connaissances de base sur la résistance aux agents antibactériens et à répondre à des questions clefs sur le terrain. Il présente d'abord les agents antibactériens et leur utilisation chez l'homme et chez l'animal. Il décrit ensuite la situation épidémiologique actuelle de la résistance aux antibiotiques dans le monde et explique comment cette résistance est détectée en laboratoire. Puis, il décrit les origines de la résistance aux antibiotiques et ses mécanismes de dissémination, avant de proposer des concepts pour la maîtriser. Enfin, ce MOOC essaie de mettre en lumière les alternatives aux antibiotiques, les dernières molécules disponibles et les molécules en cours de développement.

Enrollement types // Formules d'inscription

To follow this course, you have the choice between two formulas. The DISCOVERY path gives you access to videos, quizzes and exchanges in the forum. Additionnaly, the QUALIFYING path gives you access to a qualifying exam.

Pour suivre ce cours, vous avez le choix entre deux formules. Le parcours DECOUVERTE vous donne accès aux vidéos, quiz et échanges sur le forum. De plus, le parcours QUALIFIANT vous donne accès à un examen certifiant.

Discovery path

If you opt for this path, you will have access to the videos, the quizzes and the exchanges in the forum. For this path, no certificate will be delivered. The registration is free.

Qualifying path

• In addition to the activities offered in the DISCOVERY path, the QUALIFYING formula will allow you to obtain a certificate in the form of a "certificate". To do this, you will have to take a exam, monitored remotely, lasting 1 hour, consisting of 30 multiple choice questions (MCQ) and obtaining 18 correct answers.

• The registration fee for the qualifying course is 150€.

• Obtaining a qualifying certification is an opportunity for you to obtain a diploma. This course is one of the MOOCs of the Institut Pasteur's Digital Diploma in Infectious Diseases program (DNM2IP). For more information, see the Institut Pasteur web page, dedicated to this new diploma.

Parcours Découverte

Si vous optez pour ce parcours, vous aurez accès aux vidéos, aux quiz et aux échanges dans le forum. Ce parcours ne donnera pas lieu à la délivrance d'une attestation. L'inscription est gratuite.

Parcours Qualifiant

• En complément des activités proposées dans le parcours DECOUVERTE, le parcours QUALIFIANT vous permettra d'obtenir un certificat. Pour cela, vous devrez suivre un examen surveillé à distance d’une durée d'une heure, consistant en 30 questions à choix multiples (QCM) et d'obtenir 18 bonnes réponses.

• Le prix de l’inscription au parcours qualifiant est de 150€.

• Obtenir une certification qualifiante est une opportunité pour vous d'obtenir un diplôme. En effet, ce cours est un des MOOCs du programme du Diplôme Numérique des Maladies Infectieuses de l'Institut Pasteur (DNM2IP). Pour en savoir plus, consultez la page web de l'Institut Pasteur, dédiée à ce nouveau diplôme.

Certificate and attestation of follow-up // Certificat et attestation de suivi

Please note, only the "Qualifying" path gives the right to a qualifying certification issued by Fun and the Institut Pasteur. There will be no certificate of follow-up, neither for the "Discovery" path, nor for the "Qualifying" path.

Attention, seul le parcours "Qualifiant" donne droit à une certification qualifiante délivrée par Fun et l'institut Pasteur. Par ailleurs, il n'y aura pas d'attestation de suivi, ni pour le parcours "Découverte", ni pour le parcours "Qualifiant".

Format // Format

The MOOC is organized in 6 weeks. Each week is composed of 4 to 5 sections. Each section includes an 8-to-10-minute video and 2 multiple-choice questions to help participants test their acquired knowledge. The videos are in English, with French and English subtitles. A certification exam (in English or in French) is acccessible only for students registered to the "qualifying path".

Le MOOC est organisé en six chapitres d'une semaine, chacune comportant de 4 à 5 sessions. Chaque session est suivie de deux QCM, permettant aux apprenants de tester leur compréhension. Les vidéos sont en anglais, avec des sous-titres en anglais et en français. Un examen de certification (en français ou en anglais) est proposé aux étudiants inscrits au parcours qualifiant..

Requirements // Prérequis

This MOOC is aimed at undergraduate, graduate and PhD biology students, medical doctors, teachers, researchers and all those who want to learn how antibacterial agents work and how resistant strains have emerged and disseminated. A good scientific background is recommended to follow this MOOC.

Ce MOOC est destiné aux étudiants de biologie, du premier cycle à la thèse, aux médecins, aux enseignants, aux chercheurs, et plus généralement à tous ceux qui s'intéressent à la résistance aux agents antibactériens et qui veulent comprendre comment ces souches de bactéries résistantes sont apparues et se sont disséminées. Un bon bagage scientifique est recommandé pour suivre ce MOOC (niveau licence).

Teaching team // Équipe enseignante

Prof. Béatrice BERÇOT

Béatrice Berçot is head of the Clinical Bacteriology Laboratory of the St Louis Hospital, Paris. She is also bacteriologist, professor and member of the Team "Infection, Antimicrobials Modelling Evolution" (IAME), at Paris-Diderot University.

Béatrice Berçot est directrice du Laboratoire de Bactériologie Clinique de l'hôpital St Louis, à Paris. Professeure et bactériologiste, elle est également membre de l'équipe "Infection, Evolution de la modélisation microbienne" de l'Université Paris-Diderot.

Prof. Didier MAZEL

Didier Mazel is professor at the Institut Pasteur. Trained as a bacterial geneticist, he works on the integron genetic system for 25 years. These genetic elements are a major player in the antibiotic resistance spread among Gram negative pathogens. His group has made numerous contributions on the molecular mechanisms and the dynamics of gene capture in integrons, in the context of the antibiotic resistance development.

Didier Mazel est professeur à l'Institut Pasteur. Formé en tant que généticien bactérien, il travaille sur le système génétique des intégrons depuis 25 ans. Ces éléments génétiques sont un acteur majeur de la propagation de la résistance aux antibiotiques chez les pathogènes Gram négatifs. Son groupe a apporté de nombreuses contributions sur les mécanismes moléculaires et la dynamique de la capture de gènes dans les intégrons, dans le cadre du développement de la résistance aux antibiotiques.

Prof. Patrick TRIEU-CUOT

Patrick Trieu-Cuot is the head of the "Biology of Gram-positive pathogens" Research Unit. The general theme of the unit relates to the identification and characterization of the molecular bases of the pathogenicity of Gram-positive bacteria at low GC%. The study models are focused on two opportunistic pathogenic bacteria for humans: Staphylococcus aureus and Streptococcus agalactiae. Patrick is also director of the "Bacterial resistance to antibiotics" course at the Institut Pasteur.

Patrick Trieu-Cuot est directeur de l'Unité de Biologie des Bactéries Pathogènes à Gram-Positif. La thématique générale de l’Unité porte sur l’identification et la caractérisation des bases moléculaires de la pathogénicité des bactéries à Gram-positif à bas GC%. Les modèles d’étude portent sur deux bactéries pathogènes opportunistes pour l’homme: Staphylococcus aureus et Streptococcus agalactiae. Patrick est également directeur du cours "Résistance bactérienne aux antibiotiques" de l'Institut Pasteur.

Terry Brissac, community manager

Trained as a general microbiologist, my research interest focuses on the interactions between bacteria and their hosts. I worked during my Ph.D. on the evolution of the association between Mollusks and sulfur-oxidizing bacteria. I then transitioned from environmental to medical microbiology and studied during my post-doctoral experiences the molecular bases of the pathogenic potential of Neisseria meningitidis, Francisella tularensis and Streptococcus pneumoniae. I am working now in the Biology of Gram-positive pathogen unit at the Pasteur Institute investigating the intracellular virulence of Group B streptococcus during the switch from colonizing commensal to invasive pathogen.

Au cours de mes travaux de recherche je me suis consacré à l’étude des interactions hôte/bactéries. J’ai caractérisé au cours de ma thèse l’association entre des bactéries sulfo-oxydantes et leurs hôtes mollusques. Dans un second temps, je me suis orienté vers l’étude des bactéries pathogènes opportunistes de l’homme, en me focalisant sur les mécanismes moléculaires permettant à ces dernières de devenir pathogènes. J’ai ainsi étudié les bases moléculaires de la virulence de Neisseria meningitidis, Francisella tulanresis et Streptococcus pneumoniae. Je travaille actuellement au sein de l’unité Biologie des Bactéries pathogènes à Gram-positif ou j’étudie les mécanismes associés à la virulence intracellulaire du Streptocoque de Groupe B.

With the participation of // Avec la participation de

Antoine Andremont (Faculté de Médecine Paris-Diderot), Laurence Armand (Faculté de Médecine Paris-Diderot), Eric Bacqué (SANOFI), David Bikard (Institut Pasteur), Mélanie Colomb-Cotinat (Santé Publique France), Laurent Debarbieux (Institut Pasteur), Nicolas Fortané (INRA), Philippe Glaser (Institut Pasteur), Bich-Tram Huynh (Institut Pasteur), Xavier Lescure (Faculté de Médecine Paris-Diderot), Jean-Christophe Lucet (Faculté de Médecine Paris-Diderot), Jean-Yves Madec (ANSES), Jean-Luc Mainardi (Faculté de Médecine Paris-Descartes), Thierry Naas (Faculté de Médecine Paris-Sud), Marie-Cécile Ploy (Faculté de Médecine de Limoges), Claire Poyart (Faculté de Médecine Paris-Descartes), Asmaa Tazi (Faculté de Médecine Paris-Descartes)

Course syllabus // Plan du cours

Week 1: Antibacterial agents / Semaine 1 : Agents antibactériens

• Mode of action / Mode d'action
• Origin and biosynthesis / Origine et biosynthèse
• Impact on Human Health / Impact sur la santé humaine
• Antibiotherapy / Antibiothérapie
• Veterinary use / Utilisation vétérinaire

Week 2: Emergence of resistant bacteria / Semaine 2 : Emergence des bactéries résistantes

• Resistance Mechanisms / Mécanismes de la résistance
• Antibacterial resistance in the community and the hospital / Résistance aux antibiotiques dans les hôpitaux
• Epidemiology of Bacterial Resistance in Europe / Épidémiologie de la résistance bactérienne en Europe
• Bacterial resistance in low- and middle-income countries countries / Résistance bactérienne dans les pays à revenus faibles et moyens

Week 3: Detection of resistant bacteria / Semaine 3 : Détection des bactéries résistantes

• Phenotypic approaches / Approches phénotypiques
• Genotypic approaches / Approches génotypiques
• In silico antibiogram: Genomic approaches / Antibiogrammes in silico: approches génomiques
• Automated approaches / Automatisation des procédures

Week 4: Origin of antibiotic resistance and dissemination /Semaine 4 : Origine et dissémination de la résistance aux antibiotiques

• Natural versus Acquired Resistance / Résistance naturelle et acquise
• Origin of resistance genes / Origine des gènes de la résistance
• Role of the environment / Rôle de l'environnement
• Transferability of resistance genes / Transférabilité des gènes de la résistance
• Evolution of bacterial populations / Évolution des populations bactériennes

Week 5: Controlling the emergence and spread of bacterial resistance / Semaine 5 : Contrôle de la survenue et de la diffusion de la résistance bactérienne

• Consumption and Inappropriate use of antibiotics / Consommation et utilisation inappropriée des antibiotiques
• Antibiotics stewardship / Gestion de l'utilisation des antibiotiques
• Mastering resistance in hospitals / Contrôle de la résistance en milieu hospitalier
• Economic cost of ABR / Coût économique de la résistance aux antibiotiques
• Social consequences of bacterial resistance / Conséquences sociales de la résistance bactérienne

Week 6: New antibiotics and alternatives to antibiotics /Semaine 6 : Nouveaux antibiotiques et traitements alternatifs

• Revisiting "old" molecules / Nouvelles utilisations de molécules anciennes
• New targets : from leads to candidate / Les nouvelles cibles
• Anti-virulence Strategies / Stratégie anti virulence
• Phagotherapy / Phagothérapie
• CRISPR tools to study and fight antibiotic resistance / L'utilisation de CRISPR pour étudier et combattre la résistance aux antibiotiques

This MOOC was created by the Education Department of the Institut Pasteur.

This MOOC was created in collaboration with the Université Paris-Diderot.

This MOOC was realized with the support of the Fondation IPSEN, under the aegis of Fondation de France.

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Frequently Asked Questions

Targeted audience /A qui s’adresse ce MOOC ?

This MOOC is aimed at medical doctors, researchers, biology students and more generally at a public with a scientific background.

Ce MOOC s’adresse aux médecins, aux chercheurs, aux étudiants en biologie et plus généralement à un public scientifique large.

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